Este espectáculo cuenta las aventuras de cuatro tortugas que fueron transformadas en humanoides por un extraño lodo y fueron entrenadas como ninja por un maestro de artes marciales humanas, Hamato Yoshi, quien fue transformado en una rata humanoide, Splinter, por la misma sustancia. Junto con la intrépida reportera, April O'Neil, luchan contra las amenazas contra el mundo, como Shredder y Krang.