Después de conquistar a los humanos opresivos en "Conquista por el Planeta de los Simios", César ahora debe mantener la paz entre los humanos y los simios. El general gorila Aldo ve las cosas de manera diferente e intenta causar una guerra civil entre simios. Mientras tanto, otros supervivientes humanos se enteran de la ciudad de los simios y deciden que quieren recuperar la civilización para sí mismos, preparando así el escenario para facciones de simios y humanos en guerra.